新四军廉洁思想教育馆是新四军江南指挥部纪念馆的特色馆，位于展览馆三楼。2010年3月22日，在中共常州市纪委、溧阳市委、市政府、溧阳市纪委、溧阳市文化广电体育局的关心支持下，在此建立了“新四军廉洁思想教育馆”。教育馆是通过80个生动故事，分为六大篇章，全面展示新四军的廉洁思想及其崇高境界。教育馆的建成开放，得到了中纪委领导的批示肯定和社会各界的关注，开馆一年来，全国各地共有近十万人次来此参观学习。2011年3月，在内馆的基础上又增设了外馆，是搜集了80条新四军廉洁语录，作为新四军廉洁思想内涵的延伸和扩充，以此进一步弘扬新四军廉洁思想，教育新时期党员干部。该馆已于2010年7月被评为江苏省廉政教育示范基地。